BAB 1. PENDAHULUAN
1.1 Latar
Belakang
Isolasi adalah suatu cara untuk
memisahkan organisme tersebut dari lingkungannya atau habitatnya dan
menumbuhkan sebagai biakan murni dalam medium buatan. Mengisolasi mikrobia
adalah memisahkan mikrobia dengan lingkungan atau substratnya dan menumbuhkan
kembali pada medium buatan. Untuk penanaman mikrobia yang harus diperhatikan
adalah faktor nutrisi serta kebutuhan akan oksigen, karena ada mikrobia yang
membutuhkan oksigen (aerob) dan ada mikrobia yang tidak butuh oksigen(
anaerob). Sedangkan isolasi bakteri ada
2 macam, yaitu dengan cara goresan dan cara taburan.
sterilisasi
adalah segala bentuk usaha untuk membebaskan alat-alat dan bahan dari semua
bentuk kehidupan , terutama mkrobia. Di dalam proses isolasi sterilisai mutlak
dibutuhkan, karena untuk mengisolasi
suatu mikrobia alat-alat dan bahan harus steril jika ingin mendapatkan biakan
murni sesuai yang kita inginkan.
Mikrobiologi adalah sebuah cabang dari ilmu biologi yang mempelajari mikroorganisme. Objek kajiannya biasanya adalah
semua makhluk (hidup) yang perlu dilihat dengan mikroskop, khususnya bakteri, fungi, alga mikroskopik, protozoa, dan Archaea. Virus sering juga dimasukkan walaupun
sebenarnya tidak sepenuhnya dapat dianggap sebagai makhluk hidup.
Mikrobiologi dimulai sejak ditemukannya mikroskop dan menjadi bidang yang sangat
penting dalam biologi setelah Louis Pasteur dapat menjelaskan proses fermentasi anggur (wine) dan membuat serum rabies. Perkembangan biologi yang pesat pada abad ke-19 terutama
dialami pada bidang ini dan memberikan landasan bagi terbukanya bidang penting
lain: biokimia. Penerapan mikrobiologi pada masa
kini masuk berbagai bidang dan tidak dapat dipisahkan dari cabang lain karena
diperlukan juga dalam bidang farmasi, kedokteran, pertanian, ilmu
gizi,
teknik kimia, bahkan hingga astrobiologi dan arkeologi.
Pencarian isolat-isolat yang dapat
digunakan dalam industri seperti isolat yang mampu menghasilkan enzim-enzim
komersial perlu diupayakan. Salah satu pendekatan yang dapat dilakukan untuk
mengeksplorasi kapasitas metabolisme adalah dengan cara mempelajari gen yang
menyandi enzim yang terlibat dalam proses-proses kimiawi khusus.Banyak organisme
seperti bakteri, jamur, tumbuhan tingkat tinggi, dan hewan menghasilkan
kitinase yang mengkonversi kitin menjadi monomer atau oligomernya. Organisme
ini biasanya memiliki beragam gen kitinase yang ekspresinya diinduksi oleh
ekstraseluler kitin atau derivatnya. Bakteri memanfaatkan kitinase untuk
asimilasi kitin sebagai sumber karbon dan nitrogen. Pada tumbuhan, enzim ini
digunakan sebagai pertahanan melawan serangan organisme patogen yang mengandung
kitin. Jamur dan serangga menggunakan enzim ini untuk morfogenesis dinding sel
dan pembangun ekoskeleton. Mengingat jumlah kitin yang melimpah di alam sebagai
komponen penyusun dari berbagai organisme, kitin diproduksi secara komersil
secara terus menerus .Dengan demikian kitin merupakan substrat yang selalu
tersedia sehingga sebagian mikroba tanah dan air merupakan pendegradasi kitin
yang baik
1.1 Tujuan
Untuk mengetahui cara mendapatkan jamur dan bakteri
dari dalam tanah.
BAB 2. TINJAUAN PUSTAKA
Jamur
merupakan organisme yang tidak berklorofil sehingga jamur tidak dapat
menyediakan makanan sendiri dengan cara fotosintesis seperti pada tanaman yang
berklorofil. Oleh karena itu, jamur mengambil zat-zat makanan yang sudah jadi
yang dibuat atau dihasilkan oleh organisme lain untuk kebutuhan hidupnya. Sifat
ketergantungan terhadap organisme lain menyebabkan jamur digolongkan sebagai
tumbuhan heterotrofik . Sebagai tumbuhan heterotrofik, jamur membutuhkan sumber
makanan sebagai substrat, sumber energi, aktivitas metabolisme, dan nutrisi.
Energi dapat diperoleh dari oksidasi senyawa karbon, metabolisme untuk
mensintesis senyawa-senyawa yang dibutuhkan untuk pertumbuhan dan perkembangan
hifa jamur, dan sumber nutrisi yang dibutuhkan seperti vitamin, CO2, dan
nitrogen. Suhu merupakan faktor utama dalam pertumbuhan
jamur.(Arif,Astuti,dkk,2007).
Jasad
renik atau mikroorganisme merupakan salah satu faktor yang banyak menimbulkan
kerusakan pada kayu, yang bervariasi tergantung pada sifat-sifat
kayu.Mikroorganisme dapat dibedakan
dalam empat golongan berdasarkan sifat perkembangan dan tipe kerusakan yang
ditimbulkan, yaitu jamur perusak kayu, jamur pewarna kayu, dan bakteri
penyerang kayu. Untuk mempertahankan hidupnya, mikroorganisme tersebut
memanfaatkan polimer kayu dan zat lain dalam kayu sebagai nutrisi dengan cara
dirombak menjadi senyawa sederhana. Identifikasi dilakukan dengan mengamati
ciri makroskopis dan mikroskopis jamur. Ciri makroskopis yang diamati adalah
warna jamur, koloni jamur dan bentuk tubuh buah jamur.Pengamatan ciri
mikroskopis mencakup hifa, spora, sporangium, konidia dan konidiofor dan ciri
khusus yang akan menentukan jenis jamur tersebut. Mendokumentasikan sampel
dengan menggunakan mikroskop berkamera (Pelczar dan E. C. S. Chan, 1986).
Orang pertama yang melihat bakteri adalah Antoni van
Leeuwenhoek (1632-1723), seorang pembuat mikroskop amatir berkebangsaan Belanda. Pada tahun 1684, van Leeuwenhoek menggunakan
mikroskop yang sangat kecil hasil karyanya sendiri untuk mengamati berbagai mikroorganisme dalam bahan alam. Mikroskop yang digunakan Leeuwenhoek kala itu
berupa kaca pembesar tunggal berbentuk bikonveks dengan spesimen yang
diletakkan di antara sudut apertura kecil pada penahan logam. Alat itu dipegang dekat dengan mata dan objek yang ada di sisi lain lensa disesuaikan untuk mendapatkan fokus.
Dengan alat itulah, Leewenhoek mendapatkan kontras yang sesuai antara bakteri yang mengambang dengan latar
belakang sehingga dapat dilihat dan dibedakan dengan jelas]. Beliau menemukan bakteri di tahun
1676 saat mempelajari infusi lada dan air (pepper-water infusion). Van
Leeuwenhoek melaporkan temuannya itu lewat surat pada Royal Society of London,
yang dipublikasikan dalam bahasa Inggris pada tahun 1684. Ilustrasi van
Leewenhoek tentang mikroorganisme temuannya dikenal dengan nama "wee
animalcules" (Pelczar dan E. C. S. Chan, 1986).
Setiap jamur
yang tumbuh diinokulasikan pada media PDA menggunakan ose, kemudian diinkubasi
selama 3x24 jam pada suhu kamar. Setiap jamur yang tumbuh diinokulasikan kembali
dengan cara memindahkan pada media PDA yang mengandung inulin 1% pH 5,0. Koloni
dan miselium yang telah terpisah diamati bentuk dan ukuranya secara makroskopis
dan mikroskopis serta dilakukan foto mikroskop.Biakan murni ini sebagai isolat
dipindahkan ke agar miring (PDA ditambahkan dengan 1% inulin) dengan pH 5,0
untuk disimpan dan dipelihara sebagai kultur stok. Semua biakan murni yang
didapat di tentukan genus atau spesiesnya berdasarkan bentuk dan ukuran
koloninya.(Saryono,dkk,2002).
(Vandamme
& Derycke 1983).Bertahun-tahun
setelahnya, banyak observasi lain yang menegaskan hasil pengamatan van
Leeuwenhoek, namun peningkatan tentang pemahaman sifat dan keuntungan mikroorganisme berjalan sangat lambat sampai 150
tahun berikutnya.]Baru di abad ke 19, yaitu setelah produksi mikroskop meningkat pesat, barulah
keingintahuan manusia akan mikroorganisme mulai berkembang lagi. Louis Pasteur dikenal luas karena teori Generatio
Spontanea, organisme hidup berasal dari organisme hidup juga. Percobaan Pasteur
menggunakan kaldu yang disterilkan dan labu leher angsa membuktikan tentang adanya mikroorganisme. Ada
beberapa metode yang digunakan untuk mengisolasi bakteri, fungi, dan khamir
dengan menggunakan metode gores, metode tuang, metode sebar, metode pengenceran
serta micromanipulator. Dua diantaranya yang paling sering digunakan adalah
tekhnik cawan tuang dan cawan gores. Kedua metode ini didasarkan pada prinsip
yang sama yaitu mengencerkan organisme sedemikian rupa sehingga individu
spesies individu spesies dapat dipisahkan dari lainnya.Mikroorganisme dibiakkan
di laboratorium pada medium yang terdiri dari bahan nutrient. Biasanya
pemilihan medium yang dipakai bergantung kepada banyak faktor seperti seperti
apa jenis mikroorganisme yang akan ditumbuhkan (Suriawiria, Unus, 1986).
BAB 3. BAHAN DAN
METODE
3.1 Waktu dan Tempat
Praktikum
Teknik Media Tanam aspek HPT dengan acara Isolasi Jamur dan Bakteri dari Dalam
Tanah dilaksanakan pada hari Jumat 20 April 2012 di Laboratorium Penyakit
Tanaman, Jurusan Hama Penyakit Tumbuhan, Fakultas Pertanian, Universitas Jember
. pada pukul 07.00
WIB-Selesai.
3.2
Alat dan Bahan
3.2.1
Alat
1. Petridis
2. Tabung reaksi
3. Pipet
4. Vortex
5. LAM (Laminary Air Flow)
6. Lampu Bunsen
7. Colony counter
8. Neraca
9. Erlenmeyer
10. Kertas pembungkus
11. Kertas label
3.2.2
Bahan
1. Sampel tanah sesuai
kelompok, seperti KNO, SNO, BNO, dan Tebu
2. Air steril
3. Medium PDA
4. Medium NA
5. Alkohol 95%
3.3
Cara Kerja
1.
Menimbang 1 gram sampel tanah kemudian memasukkan ke dalam erlenmeyer berisi
100 ml air steril lalu menggojog sampai suspensi homogen.
2.
Mendiamkan selama beberapa saat kemudian mengambil 1 ml bagian yang jernih dan
memasukkannya ke dalam tabung reaksi yang telah berisi 9 ml air steril.
3.
Melakukan vortex secukupnya.
4.
Mengisolasi jamur : mengambil 1 ml suspensi dan menuangkannya ke dalam
petridish steril yang telah berisi tiga tetes asam asetat. Selanjutnya menuang
medium PDA cair ke dalam petridish. Menggoyang-goyangkan petridish agar
suspensi dan media tercampur rata.
5.
Mengisolasi bakteri : mengambil 1 ml suspensi dan menuangkannya ke dalam
petridish steril. Selanjutnya menuangkan medium NA cair ke dalam
petridish.Menggoyang-goyangkan petridish agar suspensi dan media tercampur
rata.
6.
Membungkus petridish dengan kertas pembungkus yang telah disediakan dengan
posisi petridish terbalik.
7.
Petridish yang sudah dibungkus tadi dimasukkan ke dalam lemari inkubasi.
8.
Melakukan pengamatan dan perhitungan jumlah koloni dengan colohy counter.
BAB.4
HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1 Hasil
|
Kelompok
|
Media
|
perlakuan
|
Hari ke
|
|||
|
1
|
2
|
3
|
4
|
|||
|
1
|
KNO
|
Jamur
|
-
|
0
|
-
|
0
|
|
Bakteri
|
369
|
699
|
786
|
846
|
||
|
2
|
SNO
|
Jamur
|
-
|
150
|
-
|
210
|
|
Bakteri
|
1041
|
1603
|
1708
|
1809
|
||
|
3
|
BNO
|
Jamur
|
-
|
4
|
-
|
38
|
|
Bakteri
|
906
|
913
|
1018
|
1088
|
||
|
4
|
Tanah Pisang
|
Jamur
|
-
|
100
|
-
|
121
|
|
bakteri
|
505
|
540
|
585
|
700
|
||
4.2 PEMBAHASAN
Berdasarkan praktikum yang telah di dapat pada golongan hari jum’at, dapat diketahui
bahwa bakteri ditemukan paling banyak yaitu pada tanah SNO dengan jumlah jamur 210 dan bakteri 1809, hal ini disebabkan karena pada tanah SNO tersebut mengandung
campuran antara tanah top soil dengan sekam dan bahan organik, sehingga
ditemukan bakteri yang sangat banyak, pada bahan organik sendiri terdiri dari
berjuta – juta mikroorganisme, dimana mikroorganisme tersebut berfungsi sebagai
dekomposer. Kemudian pada tanah top soil juga demikian, pada tanah tersebut
dengan kedalaman yang cukup dalam maka akan ditemukan banyak sekali
mikroorganisme, namun berbeda dengan tanah yang lain, pada sekam terdapat lebih
banyak mikroorganisme dan bakteri, hal ini dikarenakan sekam pada campuran
tersebut telah mengalami pelapukan yang cukup lama dan sekam itu sendiri
berasal dari tanaman padi yang sudah di panen, sehingga mikroorganisme yang
ditemukan lebih banyak dibandingkan dengan yang lainnya.
Bakteri
dapat mengubah dirinya dari bentuk vegetatif menjadi spora apabila dalam
keadaan memburuk. Pada bentuk spora kegiatan bakteri akan berhenti, tidak
bermetabolisme ataupun bereproduksi (dorman). Dalam bentuk ini bakteri
sangat resisten dan bisa tahan hidup dalamwaktu lama meskipun dalam keadaan
lingkungan yang kurang baik
karena panas, kekurangannutrien, radiasi, ultraviolet, atau adanya zat kimia
toksik. Bakteri yang kita amati pada praktikum ini hanya perlu waktu 24 jam
untuk mengamatinya agar praktikan dapat menghitung jumlah bakteri tersebut
dengan menggunakan colony counter, apabila penghitungan jamur melewati batas 24
jam maka bakteri akan cepat berkembang dan susah untuk dihitung serta diamati.
Prinsip dari
isolasi mikroba adalah memisahkan suatu jenis mikroba dengan mikroba lain yang
berasal dari campuran bermacam-macam mikroba. Pada percobaan penghitungan
populasi jamur tanah dengan metode plat pengenceran. Untuk mengisolasi jamur
tanah pengenceran yang digunakan adalah pengenceran 10-4 dan 10-5.
Pengenceran ini dimaksudkan untuk agar partikel-partikel tanah tidak ikut. Pada
penentuan populasi jamur tanah media agar yang digunakan adalah PDA yang telah
diberi antibiotik. Hal ini dapat dilakukan dengan menumbuhkannya dalam media
padat, karena dalam media padat sel-sel mikroba akan membentuk suatu koloni sel
yang tetap pada tempatnya. Media yang digunakan dalam isolasi ini harus sesuai
dengan mikroorganisme yang akan kita ketahui populasinya. Karena kalau tidak
sesuai agarnya maka mikroorganisme tidak akan tumbuh. Jika sel-sel tersebut
tertangkap oleh media padat pada beberapa tepat yang terpisah, maka setiap sel
atau kumpulan sel yang hidup akan berkembang menjadi suatu koloni yang terpisah.
Apabila digunakan
media cair, sel-sel mikroba sulit dipisahkan secara individu karena terlalu
kecil dan tidak tetap tinggal di tempatnya. Akan tetapi bila sel-sel tersebut
di pisahkan dengan cara pengenceran, kemudian di tumbuhkan dalam media padat
dan di biarkan membentuk koloni, maka sel-sel tersebut selanjutnya dapat
diisolasi dalam tabung-tabung reaksi atau cawan petri yang terpisah.
Fungi (jamur adalah sel mikroskopis yang tumbuh memanjang seperti
benang yang dikenal dengan hypa. Diameter
hypa hanya beberapa µm, tetapi dapat tumbuh memanjang hingga mencapai beberapa
meter. Beberapa fungi hanya bersel satu seperti ragi. Hypa yang tumbuh
membentuk masa disebut mycelium atau tebal menyerupai kawat dan disebut sebagai
rhizomorphs yang tampak seperti akar.Pada isolasi jamur dengan
metode pengenceran ini dilakukan pengamatan sebanyak 3 kali yaitu setelah 48
jam, 72 jam dan 96 jam. Hal ini dikarenakan pada jamur masih membutuhkan proses
yang cukup lama untuk menjadi jamur dan memiliki hifa, sehingga pada pengamatan
48 jam masih terhitung banyak koloni yang telah terhitung seperti yang ada pada
hasil, namun secra kesuluruhan data golongan, semakin lama lama yaitu pada
pengamatan ke 72 jam dan 96 jam jika di rta – rata hasil yang diamati jumlah
koloni jamur semakin berkurang, hal ini dikarenakan semakin lama waktu yang digunakan
untuk mengamati maka jamur tersebut akan berkembang tau berdefernsiasi dan
memebentuk atau menggorombol menjadi satu dan membentuik hifa, sehingga ketika
diamati koloni – koloni tersebut menjadi semakin sedikit. Perubahan – perubahan
ini dikarenakan jamur mulai berkembang biak dan memebutuhkan proses yang lebih
lama dibandingkan dengan bakteri.
Praktikum
isolasi ini, kami belum mengetahui jamur tersebut termasuk atau tergolong pada
golongan jamur apa , karena kami belum mengamati secara pasti dan jelas. Pada
jenis tanah yang diambil diambil yaitu pada tanah SNO, BNO, KNO dan tanah tebu
ditemukan koloni jamur yang paling banyak yaitu pada hasil terkahir (96 jam)
adalah SNO yaitu tanah top soil engna campuran bahan organik, hal ini
dikarenakan pada tanah top soil tersebut banyak terdapat mikroorganisme yang
mungkin akan membentuk jamur baik yang memiliki peran atau damapak baik bagi
tanah atau dampak buruk, bahkan ada beberapa jamur yang dapat mempengaruhi
pertumbuhan tanaman, pada tanah SNO ini tanah yang dicampur masih murni dari
tanah sendiri dan dari bahan organik yang hanya mengandung unsur – unsur
tertentu dan mikroorganisme.
Jumlah jamur dapat mendominasi
didalam tanah dibandingkan dengan mikroorganisme yang lain. Disebabkan jamur
mempunyai ukuran yang relatif besar. Namun, pada media yang digunakan dalam
praktikum jamur tidak dapat tumbuh dengan optimum. Hal ini dapat disebabkan
karena antibiotik untuk mencegah adanya mikroorganisme lain tumbuh pada media
tidak bekerja secara mksimal sehingga ada bakteri dan mikroorganisme lain yang
tumbuh pada media PDA ini. Sehingga pertumbuhan jamur pun terhambat. Dari hasil penuangan suspensi tanah kedalam petridish
didapat koloni jamur, dimana terdapat koloni yang berukuran kecil yang
terpecah-pecah. Didalam koloni tersebut terdapat warna putih yang menunjukan
jamur yang mempunyai hifa.
Dalam hal ini ammonium teroksidasi membentuk nitrat dan ion nitrogen
yang mengakibatkan penurunana pH tanah. Faktor lingkungan seperti
pH tanah, pupuk anorganik, kandungan bahan organic, dan kelembaban tanah
merupakan faktor yang berpengaruh terhadap pertumbuhan fungi. Fungi terdapat
pada semua jenis tanah yang bereaksi masam. Meski demikian, ada juga fungi yang
berada pada tanah netral atau tanah alkalis. Pemberian pupuk anorganik dapat
merubah populasi fungi di dalam tanah, contohnya adalah pemupukan dengan garam
ammonium.
BAB 5. PENUTUP
5.1 Kesimpulan
Berdasarkan praktikum yang telah
dilakukan dilakukan dapat diambil kesimpulan sebagai berikut :
1.
Isolasi
adalah cara untuk mendapatkan biakan murni.
2.
Sterilisasi
mutlak dibutuhkan pada saat isolasi.
3.
Untuk
mengetahui mikrobiologi dan perkembangannya dapat dilakukun dengan menggunakan
media yang telah di tentukan dan diamati secara teliti sehingga memperoleh data
yang sesuai.
4.
Perkembangan
bakteri jeruk dapat diteliti dengan metode isolasi pour plate dan streak plate.
5.
Sedangkan
perkembangan jamur tempe dapat diteliti dengan metode Isolasi
jamur tempe .
5.2 Saran
Sebaiknya praktikan sangat berhati-hati dalam melakukan teknik isolasi
dam pemurnian agar tidak terjadi kontaminasi. Selain itu, para praktikan
diharapkan memakai masker untuk meminimalisir terjadinya kontaminasi.
DAFTAR PUSTAKA
Arif et al,
2007. Isolasi dan Identifikasi Jamur Kayu dari Hutan Pedidikan dan Latihan Tabo
– Tabo Kecamatan Bungoro Kabupaten Pangep. Jurnal
Perennial, 3(2) : 49-54
Pelczar
dan E. C. S. Chan.1986. Dasar-dasar
Mikrobiologi. Jakarta: UI Press.
Saryono,dkk.2002.Isolasi
dan Karakterisasi Jamur Penghasil Inulinase Yang Tumbuh Pada Umbi Dahlia. Jurnal
Natur Indonesia, 4(2):171-177.
Suriawiria,
Unus. 1986. Buku Materi Pokok Mikrobiologi modul 1-9. Jakarta:
Karunika.
Zubaidah, Elok. 2006. Mikrobiologi Umum. Malang: Universitas
Brawijaya.
LAPORAN
ISOLASI
JAMUR DAN BAKTERI
Oleh
:
Deni setyawan
111510501088
Jum’at/ 3
JURUSAN
AGROTEKNOLOGI
FAKULTAS
PERTANIAN
UNIVERSITAS
JEMBER
2012
Tidak ada komentar:
Posting Komentar